Küçük yaşta ailesini kaybeden Harry Potter, anne ve babasının da mezun olduğu Hogwarts Cadılık ve Büyücülük Okulu müdürü Albus Dumbledore tarafından kapılarına bırakıldığı günden beri teyzesi, eniştesi ve kuzeni Dudley ile birlikte büyünün gerçek olduğundan dahi habersiz bir şekilde yaşamaktadır. Eniştesi, teyzesi ve kuzeni Harry’e çok kötü davranmaktadırlar ve Harry merdiven boşluğunun altındaki bir odada yaşamaktadır. Çok mutsuz bir çocukluk geçiren Harry’nin 11. doğum günü yaklaşmaktadır.
Bir gün Harry’ye Hogwarts’dan bir kabul mektubu gelir fakat büyücüleri birer ucube ve utanç kaynağı olarak gören eniştesi Harry’nin mektubu okumasına izin vermez. Fakat mektupların arkası kesilmez hatta giderek artan sayıda mektuplar gelmeye devam eder. Bir gün evin her yerinden mektup yağmaya başlar. Eniştesi evdekileri de alarak evden ayrılırlar ve çok uzak bir yere giderler. Denizin ortasındaki bir adada, küçük bir kulübede yaşamaya başlarlar. Bir akşam kulübeye Hagrid adında bir yarı dev gelir. Hagrid, Hogwarts Cadılık ve Büyücülük Okulu’nun anahtar sorumlusu ve bekçisidir. Hagrid, Harry’nin mektupları okuyamadığını öğrenir ve Harry’e her şeyi anlatır. Anne ve babası trafik kazasında ölmemişlerdir. Onlar büyücüdürler ve karanlık büyücü Voldemort tarafından öldürülmüşlerdir. Harry de bir büyücü adayıdır. Harry, bugüne kadar tüm gerçekleri kendisinden saklayan teyzesi ve eniştesine çok kızar. Hogwarts Büyücülük Okuluna gitmeye karar verir. Okul öncesi alışverişi için Hagrid ile birlikte Diagon Yolu’na giderler. Buradan bir asa, uçan süpürge, büyücülük kitapları, haberci bir baykuş (karbeyazı rengindeki baykuşu Hedwig) gibi okulda ihtiyacı olacak şeyleri alırlar.
Okulun başladığı 1 Eylül günü Londra King’s Cross Tren İstasyonu’na gider. Okula gidecek Hogwarts Ekspresi’nin bulunduğu 9 3/4 peronundan trene biner.
Harry trende Ron ve Hermione adında iki arkadaş edinir.
Hogwarts’ta okula yeni başlayan çocukların kalacakları binalar ve sınıflar büyülü ve eski püskü bir şapka olan seçmen şapkanın seçimiyle belirlenir. Okulda dört bina ve sınıf vardır. Gryffindor, Hufflepuff, Ravenclaw ve Slytherin. Slytherin’den genellikle kötü büyücüler çıkmaktadır. Harry’nin okul süresince hep rakibi olacak Malfoy Slytherin’ne seçilir. Harry, Ron ve Hermione ise aynı binaya, Gryffindor’a seçilirler. Artık dersler başlamıştır. Harry ve arkadaşları değişik alanlarda büyücülük dersleri almaya başlarlar. Çok farklı maceralar onları beklemektedir artık. Harry Gryffindor’a seçildiği için daha ilk yılından “Malfoy” ailesinin düşmanı olmuştur.
Bir gün Harry ve arkadaşları okulda girilmesi yasak olan üçüncü koridora giderler. Burada üç başlı bir canavarın koruduğu “Felsefe Taşı” bulunmaktadır. Felsefe Taşı sahibine ölümsüzlük ve üstün güçler vermektedir. Harry’nin anne ve babasını öldüren kötü büyücü Voldemort da Felsefe Taşının peşindedir. Harry taşı bulur ve Voldemort ile ilk mücadelesini yaşar. Harry Voldemort’u etkisiz hale getirir.
Bu arada okulun sınıfları arasında çeşitli yarışmalar düzenlenmektedir. Gryffindor binası Harry’nin üstün başarıları ile Quidditch’te birinci olur. Artık okul bitmiş ve yaz tatili gelmiştir. Öğrenciler Hogwart Ekspresi ile yaz tatili için evlerine giderler. Harry bu durumdan pek hoşnut değildir, çünkü tatilini geçirebileceği bir ailesi yoktur ve şimdiden okulunu özlemiştir.